تنبع أهمّية عكّا بالنسبة إلى الفرانسيسكان من أنّهم يؤمنون بأنّ فرانتشسكو دي أسيزي (Francesco d’Assisi)، مؤسّس رهبنتهم، قد زارها خلال السنتين 1219-1220.
عام 1217 أنشأ فيها الراهب إيليا دي كورتونا (Elia Da Cortona) دير الفرانسيسكان الأول في البلاد. ولدى سقوط عكّا في أيدي المماليك عام 1291، فرّ منها أهل الدير.
وحسَب الوقائع التاريخية المعتمَدة لدى الفرانسيسكان، أتاح لهم فخر الدين الثاني عام 1620 بصورة رسمية الإقامة في عكّا وإنشاء كنيسة ونُزُل لهم. وإنّه حسَبما هو مسجّل من عام 1673، سُمّيت الكنيسة باسم يوحنّا المعمدان.